Herramientas secuencia de alineación

March 10

Herramientas secuencia de alineación


La secuenciación del ADN moderno y técnicas de biología molecular han permitido a los científicos para acumular grandes cantidades de datos de secuencias de genes y proteínas. Para avanzar, sin embargo, no es suficiente para recoger únicamente los datos - los científicos deben ser capaces de hacer sentido de ella también. Ahí es donde el software como herramientas de alineación de secuencias son útiles. Estas son algunas de las herramientas más importantes disponibles en línea. Para acceder a cualquiera de las cuatro herramientas descritas en este artículo, siga los enlaces bajo la sección de Recursos.

EXPLOSIÓN

La herramienta de búsqueda Basic Local Alignment o BLAST es una muy poderosa herramienta disponible en línea desde el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). BLAST pueden alinear dos secuencias de ADN y compararlas para determinar lo similares que son; también se puede introducir en una secuencia BLAST y buscar en una base de datos completa de las secuencias para cualquier que coincidan o sean similares. Un científico podría buscar BLAST para secuencias humanas que son similares a un gen de cerdo, por ejemplo, y determinar el número de similitudes humano y cerdo variantes de acción. Como alternativa, los biólogos pudieron secuenciar genes de una muestra de ADN y hacer una búsqueda BLAST para tratar de identificar la especie - una aplicación importante para la biología de la conservación.

ClustalW y ClustalX

ClustalW y ClustalX son una herramienta de alineación de ADN y / o proteínas. Una vez que el usuario introduce un conjunto de secuencias de proteínas o ADN, Clustal alineará e identificar las similitudes o diferencias. Si las proteínas de alineación, por ejemplo, ClustalW marcará ningún posiciones en las que los aminoácidos son los mismos, el uso de un asterisco, mientras que los dos puntos indica diferentes aminoácidos con propiedades químicas similares, y un espacio denota completamente diferentes aminoácidos. ClustalW es la versión de línea de comandos, mientras que ClustalX es la versión gráfica. Estas herramientas de alineación tienen una amplia gama de aplicaciones, incluyendo el estudio de genes o proteínas de diferentes organismos para determinar cómo de cerca se relacionan.

ExPASy

El Sistema de Análisis ExPASy o Experto La proteína es una colección en línea de herramientas del Instituto Suizo de Bioinformática. Muchas de estas herramientas no están específicamente relacionadas con la alineación; por ejemplo, herramientas como investigadores de ayuda ProtParam hacer predicciones acerca de algunas de las propiedades de una proteína en base a su secuencia de aminoácidos, y estas propiedades predichas pueden ser útiles en el aislamiento de la misma. Otras herramientas útiles incluyen una herramienta de traducción que convierte una secuencia de nucleótidos a una secuencia de aminoácidos y varias herramientas de alineación que alinean secuencias de proteínas y encontrar subsegmentos a juego. Estas herramientas son útiles en la proteómica, el estudio de la estructura y función de proteínas en las células.

FASTA

FASTA es otra herramienta disponible en línea desde el Instituto Europeo de Bioinformática. Los investigadores pueden introducir secuencias de proteínas o ADN y la búsqueda en bases de datos existentes para identificar secuencias similares. FASTA alinea entonces ninguna coincidencia y - al igual que las otras herramientas de alineación - ayuda a determinar cuán similares o diferentes que son. El algoritmo que utiliza, sin embargo, es diferente de la utilizada por BLAST. Para secuencias muy similares, FASTA y BLAST deben ofrecer resultados equivalentes; BLAST es más rápido para las secuencias de menos similar, aunque FASTA puede ser más precisa si las secuencias son muy diferentes.


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