Cómo calcular la concentración de oligonucleótidos

May 13

Cómo calcular la concentración de oligonucleótidos


Un oligonucleótido es una secuencia lineal corto, por lo general compuesta de 13 a 25 nucleótidos unidos por un enlace fosfato. Los nucleótidos son las unidades básicas, compuestas de una base nitrogenada, un azúcar y un grupo fosfato. Los oligonucleótidos se unen a su secuencia complementaria encuentra en el ADN o ARN y pueden ser utilizados como sondas, o oligodesoxirribonucleótidos se utilizan como cebadores en la reacción en cadena de la polimerasa que puede amplificar el ADN. Además, los oligonucleótidos antisentido tienen el potencial de ser agentes terapéuticos mediante el bloqueo de la traducción de proteínas específicas, que a menudo se expresan de forma anormal en enfermedades.

instrucciones

calcular la concentración

1 Disolver oligonucleótido liofilizado en tampón estéril, tal como agua o tampón TE. Coloque varias diluciones en diferentes cubetas. Leer en un espectrofotómetro a 260 nm.

2 Calcular el peso molecular del oligonucleótido, usando la ecuación (A x 312,2) + (C x 288,2) + (G x 328,2) + (T x 303,2) - 61, donde A es para el número de adenina en la secuencia de oligonucleótidos, C es para el número de citosina en la secuencia de oligonucleótidos, etc.

3 Utilizando la ecuación de calcular la concentración de oligonucleótido en micromoles = (medida de la absorbancia a 260 nM x factor de dilución x 33.000) / peso molecular de oligonucleótido, donde 33000 es un factor de conversión.

Calculadora oligo

4 Utilice la calculadora Oligo descrito por Warren Kibbe en "Nucleic Acids Research" en abril de 2007.

5 Coloque la secuencia de oligonucleótidos en el cuadro Código de bases de nucleótidos. Medir la absorbancia a 260 nm en un espectrofotómetro. Coloque resultado absorbancia en el cuadro para el resultado nM 260 absorbancia. Presione calcular.

6 La calculadora calcular la concentración, peso molecular y temperatura de fusión del oligonucleótido.


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